Danas je Institut ekonomskih nauka (IEN) prestižna i moderna naučnoistraživačka institucija koja prati savremene trendove u naučnim i primenjenim aktivnostima. Vodeći se principima izvrsnosti, IEN je prepoznat kao naučnoistraživačka institucija od poverenja koja je stekla visoku reputaciju u regionu Jugoistočne Evrope. Oslanjajući se na najvažniji resurs – istraživače, kojih u stalnom radnom odnosu ima preko četerdeset, IEN je okrenut produbljivanju znanja o širokom spektru aktuelnih tema u oblastima makroekonomije i unapređenja konkurentnosti privrede Republike Srbije, afirmacije uloge društvenih nauka u formulaciji javnih politika, ekonomije rada i blagostanja, digitalne ekonomije, ekonomike inovacija, ekonomije životne sredine, ekonomskih istorijskih činjenica, i drugih.
Organizaciona struktura IEN je fleksibilna, dinamična i usklađena je sa potrebama i aktivnostima njenih zaposlenih. Naučna istraživanja se realizuju kroz rad istraživačkih departmana koji su oformljeni početkom 2016. godine a kojih od 2021. godine ukupno postoji šest: